Два ученые монаха, призванные в Москву для научения детей славянороссийского народа, уже поднимают знаменитый спор о времени пресуществления. В словах Полоцкого заключалась хлебопоклонная ересь: он учил поклоняться хлебу, утверждая, что пресуществление совершается при произнесении священником слов Христовых, т.е. ранее надлежащего времени. Но не один Полоцкий распространял эту ересь; по свидетельству патриарха Иоакима, ересь пришла в Москву от русской молодежи, которая ездила в Польшу учиться по-латыни; возвратившись, молодые люди передали латинский обычай знакомым своим священноначальникам и благородным мужам, имевшим великие достоинства в царских домах; и тем показалось, что действительно тайна совершается произнесением слов Христовых.
Знать, когда именно совершается великое таинственное действие, и с этим сообразовать свою молитву было очень важно для русских людей, и спор не мог легко потухнуть. Полоцкий умер; но он оставил из великороссиян ревностного ученика, готового и способного ратовать за мнения учителя. Одним из подьячих в приказе Тайных дел при царе Алексее был Семен Петрович Медведев, подружившийся здесь с товарищем своим Федором Шакловитым. Медведев обратил на себя внимание своею смышленостию, и его отдали учиться латинскому языку к Симеону Полоцкому; учился он три года, но когда отправлен был на посольство в Курляндию Ордин-Нащокин, то Медведеву с товарищами велено было ехать на посольство для наученья . Ученый подьячий не xoтел оставаться в Приказе, постригся в монахи под именем Сильвестра. прослыл чернецом великого ума и остроты ученой и сделан был строителем Заиконоспасского монастыря в Москве. Медведев стал ревностным защитником мнений Полоцкого и, следовательно хлебопоклонной ереси, а Медведев был хорош при дворе правительницы по дружбе своей с Шакловитым. Притом ученый Медведев очень неуважительно отзывался об учености патриарха Иоакима и личная вражда разгорелась вместе со спором о времени пресуществления и о других учениях Полоцкого, о других латинских новшествах. Самое сильное участие в споре с Медведевым приняли справщик (корректор) Евфимий и ризничий Акинф, которые, по словам Медведева, возмущали душою патриарха. Евфимий и Акинф скоро нашли себе сильных союзников. Еще в 1682 году архидиакон Чудова монастыря Карион Истомин подал царевне Софии вирши, в которых уговаривал ее привести в исполнение мысль брата Феодора:

Умоли убо самодержцев сущих.
Да государи они то изволят,
Обще господа о том да помолят,
Наукам велят быти совершенным
И учителем людем извещенным.

Извещенные люди приехали в 1685 году: то были ученые греки. двое братьев, Иоанникий и Софроний Лихуды, которые в том же году открыли свои курсы – ученикам прежней типографской школы и разного звания и возраста людям, священникам, монахам, княжеским сыновьям, стольникам и т.д. Науки стали совершенны : Лихуды преподавали грамматику, риторику, пиитику, логику и физику; грамматику и пиитику преподавали они на греческом, риторику и физику на греческом и латинском языках.
В ученых греках патриарх Иоаким нашел себе сильных защитников против мнений Полоцкого. Между ними и Медведевым завязалась полемика. Медведев написал сочинение под именем Манна, где доказывал, что пресуществление совершается при произнесении слов Христовых. Лихуды доказывали противное в книге своей Акос , или врачевание, противополагаемое ядовитым угрызением змиевым. Против Акоса дьякон Афанасий написал: Тетрадь на Иоанникия и Софрония Лихудов; Лихуды отвечали Диалогами грека-учителя к некоему Иисуиту. Спор не ограничился одними учеными, стал общим делом: не только священники, но и миряне, даже женщины, при встрече друг с другом повсюду спорили о. времени пресуществления. Не все архиереи держались мнения патриарха; в наставительной грамоте рязанского митрополита Павла духовенству своей епархии читаем: «В божественной литургии ума намерение твердо имети. Ума же намерение сие есть, егда глаголет словеса сия: приимите, ядите и пийте от нея , да имать ум свой весь собран в оны словеса, еже бы преложитися хлебу в тело Христово и вину в кровь Христову, си есть; еже глаголет во время оно, сия и мыслит, а не иная. Блюди, о иерее! аще во время оно ум твой будет неподвижим, истинно божественную службу совершиши; аще ж в то время уста твоя глаголют оне словеса, ум же твой иная мыслит, веждь, яко смертию, сиречь непрощенно согрешаеши».
Вмешались в дело поляки, иезуиты, находившиеся в Москве: по рукам ходили польские книги, наполненные латинскими мудрованиями, слышались голоса, что на Флорентийском соборе латины осилили греков.
Что такое Флорентийский собор? кто знает? и где взять прочесть, чтоб было что отвечать врагам? Иоаким пишет в Киев, к митрополиту Гедеону: «Ныне, грех ради наших, видим, что дышит на паству змей адский: одни принимают и хвалят собор Флоренский, другие его не принимают, и спор идет в том сильный, а верных писаний обе стороны показать не могут, потому что в книгах наших редко где об этом находим известие; и тебе бы, сын, постараться известить нашей мерности, для чего этот собор был, как начался и всеми четырьмя патриархами принят ли? Хотим получить известие от ваших книг, потому что у вас больше об этом рукоиисных и печатных книг». Гедеон объяснил, в чем дело, указал на печатные книги, где заключаются известия о Флорентийском соборе, и между прочим указывал на книгу, отпечатанную в Москве в 1648 году: «Книга о вере единоистинной и православной и о св. восточной церкви». В конце письма Гедеон говорит: «Аз твоему святейшеству яко отцу архипастырю и господинови моему исповедую, яко Флоренское соборище не приимую, паче же яко ересь противную отметаю».
На этом можно было успокоиться; но приверженцы Медведева для подтверждения своего мнения указывали на изданную в Малороссии книгу «Выклад о церкви святой и о службе ». Иоаким опять обращается в Киев к митрополиту Гедеону и архимандриту киевопечерскому Варлааму Ясинскому, в Чернигов к Лазарю Барановичу, указывает им на авторитет отцов восточной церкви, восстает против новых Могилинских книг (Великий требник и служебник, екзегезис Сильвестра Коссова, книжка о седми сакраментах, лифос как не согласующихся с православным исповеданием: в Киеве отмалчиваются; патриарх настоятельно требует, чтоб прислали согласие свое с московским определением времени пресуществления, грозит, что в противном случае пожалуется четырем патриархам, требует, чтоб прислали для объяснений «мужа смиренномудра, приискренно восточныя церкви сына, ведуща известно писания св. отец, а не силлогизмами и аргументами токмо упражняющаяся». Нет ответа, потому что между Москвою и Киевом идет другая пересылка: к гетману Мазепе и киевскому знатному духовенству отослана Манна вместе с сочинениями Лихудов; на последнюю написали обличение и переслали в Москву через князя Вас. Вас. Голицына, когда он был во втором крымском походе.
Таким образом, партия Медведева находила себе сильную поддержку во дворце; Манна была написана по приказанию Софьи. Голицын пересылал написанное в Киеве обличение на Лихудов. Мало того, Голицын считался покровителем иезуитов, которые благодаря ему явились в Москве. Французский иезуит, который был в это время в Москве с целию пробраться через Сибирь в Китай, так отзывается о Голицыне: «Этот первый министр, происходивший из знаменитого рода Ягеллонов, без сомнения, был самый достойный и просвещенный вельможа при дворе московском: он любил иностранцев, и особенно французов, потому что благородные наклонности, которые он в них заметил, совпадали с его собственными; вот почему его упрекали, что у него и сердце такое же французское, как и имя. Если б дело зависело от него одного, то, разумеется, все наши желания были бы исполнены; если б он был полным хозяином, если б он не должен был вести себя осторожно относительно других бояр, то с удовольствием открыл бы нам путь в Сибирь и облегчил бы нам доступ в Китай из уважения к Людовику Великому, которого он был страстный поклонник: меня уверяли, что сын его носил портрет его величества в форме Мальтийского креста, что отец считал для себя великою честию».